Регламент гармонізує контроль за виконанням вимог щодо всього агропродовольчого ланцюга. Положення Регламенту також застосовується до інших сфер контролю, таких як контроль захворювань тварин, засобів захисту рослин та виробництва органічних продуктів.
Запровадження оцінки ризиків. Згідно з Регламентом, органи влади повинні враховувати ризик для здоров'я людей, тварин або рослин та навколишнього середовища, ризик введення споживачів в оману, відповідність та надійність власних перевірок операторів тощо. Нові правила вимагають від органів влади також враховувати ймовірність шахрайства та оманливих дій.
Зобов'язання операторів та обов'язкові збори за контроль. Офіційний контроль може здійснюватися всіма операторами на всіх етапах виробництва, переробки, розповсюдження та використання тварин, товарів, речовин, матеріалів або предметів, на які поширюються правила агропродовольчого ланцюга. Тому оператори зобов’язані співпрацювати з органами влади та надавати доступ до їх обладнання, транспортних засобів, приміщень, комп'ютерів, документів та іншої необхідної інформації, а також тварин та товарів, що знаходяться під їх контролем.
Органи влади зобов'язані вести реєстр усіх операторів, що підлягають офіційному контролю. У свою чергу, оператори повинні надавати інформацію про свою діяльність, включаючи теле- та інтернет-продажі, а також приміщення/об'єкти, що знаходяться під їхнім контролем.
Для операторів вводяться обов'язкові збори за контроль, який здійснюється на заводах з переробки м’ясної продукції, виробництва молока, заводах рибного господарства; контроль у пунктах прикордонного контролю; контроль щодо тварин та рослин, продуктів тваринного та рослинного походження; певних товарів третіх країн тощо.
Крім того, нові правила прозорості вимагають від держав-членів ЄС публікувати детальну інформацію про методи та дані, що використовуються для обчислення зборів для кожної окремої категорії операторів та органів управління.
Прикордонний контроль за тваринами та товарами, що імпортуються до ЄС. Регламент встановлює загальні правила для контролю на кордонах за імпортом тварин/рослин, продуктів тваринного походження, інших продуктів/ товарів, які підлягають контролю під час в'їзду до ЄС. Система контролю за імпортом базуватиметься на оцінці ризику. Виконання зазначених функцій здійснюватиметься у пунктах прикордонного контролю.