Регламент гармонизирует контроль за выполнением требований относительно всей агропродовольственной цепи. Положения Регламента распространяется также на другие сферы контроля, такие как контроль заболеваний животных, средств защиты растений и производства органических продуктов.
Введение оценки рисков. Согласно Регламенту, органы власти должны учитывать риск для здоровья людей, животных или растений и окружающей среды, риск введения потребителей в заблуждение, соответствия и надежности собственных проверок операторов и тому подобное. Новые правила требуют от органов власти также учитывать вероятность мошенничества и обманчивых действий.
Обязательства операторов и обязательные сборы за контроль. Официальный контроль может осуществляться всеми операторами на всех этапах производства, переработки, распространения и использования животных, товаров, веществ, материалов или предметов, на которые распространяются правила агропродовольственной цепи. Поэтому операторы обязаны сотрудничать с органами власти и предоставлять доступ к их оборудованию, транспортным средствам, помещениям, компьютерам, документам и другой необходимой информации, а также животным и товарам, находящимся под их контролем.
Органы власти обязаны вести реестр всех операторов, которые подлежат официальному контролю. В свою очередь, операторы должны предоставлять информацию о своей деятельности, включая теле- и интернет-продажи, а также помещениях/объектах, находящихся под их контролем.
Для операторов вводятся сборы за контроль, который осуществляется на заводах по переработке мясной продукции, производству молока, заводах рыбного хозяйства; контроль в пунктах пограничного контроля; контроль относительно животных и растений, продуктов животного и растительного происхождения; определенных товаров третьих стран и тому подобного.
Кроме того, новые правила прозрачности требуют от государств-членов ЕС публиковать подробную информацию о методах и данных, используемых для вычисления сборов для каждой отдельной категории операторов и органов управления.
Пограничный контроль за животными и продуктами, которые импортируются в ЕС. Регламент устанавливает общие правила для контроля на границах за импортом животных/растений, продуктов животного происхождения, других продуктов/товаров, подлежащих контролю при въезде в ЕС. Система контроля за импортом будет базироваться на оценке риска. Выполнение указанных функций будет осуществляться в пунктах пограничного контроля.